Antibiyotikler gerekli ve uygun kullanım şartıyla hayat kurtarır ama vajinal flora için çifte etki yaratır. Çünkü antibiyotikler seçici değildir; zararlı bakterilerle birlikte iyi bakterileri de yok eder.
Antibiyotik kullanımı sonrası vajinadaki Lactobacillus sayısı azalır. pH yükselir ve vajina daha savunmasız hale gelir. Bu durum özellikle mantar enfeksiyonlarının antibiyotik sonrası sık görülmesinin temel nedenidir.
Antibiyotik kullanımı sırasında ya da hemen sonrasında vajinal kaşıntı, akıntı ve koku ortaya çıkıyorsa bu genellikle floranın geçici olarak bozulduğunu gösterir. Bu bozulma bazı kadınlarda kısa sürede düzelirken, bazılarında tekrar eden enfeksiyonlara yol açabilir.
Antibiyotik etkisi hormonlarla birleştiğinde risk artar. Örneğin adet döneminde veya perimenopoz sürecinde antibiyotik kullanımı floranın toparlanmasını zorlaştırabilir
Bu nedenle antibiyotik kullanımı sonrası vajinal belirtiler “normal” kabul edilip geçiştirilmemeli, bedenin verdiği sinyaller dikkate alınmalıdır.